עמותת שקל מפעילה מספר קלינקות: המרכז לטיפול פסיכולוגי, פסיכותרפיה וטיפול הבעתי, ירושלים המרכז לאבחון נוירו-פסיכולוגי, ירושלים המרכז הטיפולי טוני אלישר- שק"ל, ירושלים המרכז הטיפולי שק"ל, באר שבע בקליניקות ניתן מענה טיפולי רגשי לילדים, מתבגרים ובוגרים עם מוגבלויות  ולבני משפחה וכן מתקיימים אבחונים נוירופסיכולוגיים. המענים הטיפוליים  ניתנים באופן פרטני, זוגי,  או קבוצתי, וכן ישנה אפשרות להדרכות הורים והדרכות של צוותים ואנשי מקצוע. אנו פועלים להתאמה של השירותים לאדם, לסוג המוגבלות ולרקע התרבותי והדתי של הפונה, הן במגזר היהודי והן במגזר הערבי. השירותים  מוכרים במשרד הרווחה (במימון מלא לזכאים) במינהל מוגבלויות ובשירות מבחן למבוגרים והם פתוחים גם לפונים באופן עצמאי. המרכזים נגישים לאנשים עם מגבלויות פיזיות. הצוותים: : עובדים סוציאליים, פסיכולוגים, מטפלים באמנות,  מטפלים מיניים ומטפלים זוגיים ומשפחתיים.