המבנה הארגוני של כלל העמותה

על הועד המנהל ממונה יושב ראש, מר יוסי טלגן, אשר יחד עם חברי הועד מכוון את פעילות העמותה, ומטווה את דרכה העתידית. ההנהלה הציבורית מבקרת את פעילות העמותה, מכוונת את התפתחותה ופועלת לגיוס משאבים בארץ ובחו"ל.

לצד ההנהלה הציבורית פועלת אגודת ידידי שק"ל הכוללת אנשים רבים שפעילות העמותה חשובה להם, ומבקשים לפעול לפרסום העמותה, לגיוס משאבים עבור העמותה ועוד. ההנהלה הציבורית אף ממנה את מנכ"ל העמותה.  

בשק"ל ישנם חמישה תחומי פעילות (מחלקות) עיקריים:

• שק"ל-בדיור - מחלקה המספקת שירותי דיור קהילתי מוגן.
• שק"ל- בתעסוקה - מחלקה המספקת שירותי תעסוקה מוגנת ותעסוקה נתמכת.
• שק"ל-בפנאי - מחלקה המספקת שירותי תרבות פנאי וספורט.
• שק"ל-בנגישות - מחלקה המספקת שירותי הנגשה לעיריות, חברות עסקיות, שירותי תחבורה ציבורית, ואנשים פרטיים. השירות ניתן החל ברמת היעוץ, עבור לרמת התכנון, וכלה ברמת הביצוע והפיקוח בפועל.
• שק"ל בקהילה - מחלקה המספקת שירותים קהילתיים תומכים לאנשים עם צרכים מיוחדים החיים בקהילה ולבני משפחותיהם. השירותים כוללים: מרכז תמיכה למשפחה ונופשון, מרכז הורים וילדים, מרכז תמיכה לנפגעי נפש - בנפשנו, יחידה להתפתחות הילד, מרכז לטיפול באלימות, פעילות חינוכית בבתי ספר לחינוך מיוחד ועוד.

תחומי הפעילות השונים הוקמו במטרה ליצור רצף של שירותים קהילתיים לאנשים עם צרכים מיוחדים - דיור, תעסוקה, פנאי ונגישות ושירותי תמיכה שונים לאלה החיים בבית הוריהם.

תחומי הפעילות השונים נהנים מתמיכה לוגיסטית ומינהלתית הניתנת על ידי מטה ארגוני קטן, יעיל ומקצועי. המטה הארגוני של שק"ל כולל בתוכו את מחלקת הכספים, מחלקת משאבי אנוש, מחלקת גיוס הכספים ויחסי הציבור, יחידת המתנדבים, יחידת הערכת תוכניות ומחקר, ויחידת פיתוח תוכניות חדשות.